战火席卷了一切……
　　马元8230年，邪茧女王带着她的新幻形灵大军重回小马莉亚。
　　她靠着精湛的幻形术，带着一支精锐的部队，悄悄的潜入了水晶帝国的城堡里......
　　水晶之心被毁，黑晶王被解放，荒原影魔被放出了影之监狱，水晶帝国陷入一片混乱。
　　水晶帝国的统治者音韵公主与王子银甲闪闪竭力拖住幻形灵大军与荒原影魔的进攻以等到皇家卫队的支援。
　　只可惜等到皇家卫队抵达时，二马已双双牺牲，水晶帝国被笼罩在黑晶王的暴政之下，血流成河，哀鸿遍野……
　　常年生活在和平年代的皇家卫队在反攻战中伤亡惨重，水晶帝国彻底沦陷。
　　但这远远不够……
　　敌人的大军一路南下，前线噩耗连连，马国被悲伤与恐惧充斥着。
　　二公主带着她的夜琪部队四处奔波，大公主则竭尽全力稳住民心。
　　邪茧靠着幻形术屡次潜入军队内部窃取情报，里应外合；黑晶王靠着精神控制项圈，将所有俘虏都送上了战场，部队越打越多；而同时和谐之树又神秘失踪，和谐之元也不知去向。
　　眼看大军逼近中心城，公主姐妹却毫无办法，而暮光与她的朋友们也纷纷投入战场：瑞瑞与苹果杰克负责马国军用后勤。
　　星光熠熠，隙日与神秘博士搅尽脑汁来研发新型战斗武器。
　　小蝶与泽可拉成立了战场医疗部队。
　　萍琪和姐姐灰琪参加了陆马军队，奔劳于前线。
　　云宝和飞火带着闪电飞马队征战四方。
　　暮光与穗龙辅助公主姐妹进行全线指挥。EUP重新建立，小马们踊跃参军。
　　就在战争终于有所起色时，提雷克的逃脱令马国措手不及，马国又一次陷入不利状态。
　　紧接着，萍琪在战场上失踪；云宝在一次任务中负伤，失去一只翅膀，后又在与邪茧的空军作战时被击落，失去联络。
　　民心动荡，士气低迷，后勤资源补给严重不足，大批伤员因医疗药品不足而惨死在医疗帐里。
　　龙族趁火打劫，部分龙族隔三差五就在南方领土进行肆意抢掠。
　　科研部久无成果，星光熠熠也在一次实验爆炸中去世，爆炸现场甚至连块尸体的碎片都没找到。
　　战损越来越大，形势逐渐紧迫。
　　直到最后，中心城失守，露娜连夜奔袭邪茧大本营，最终战死沙场，塞拉斯缔亚带着残余的皇家部队拼死反抗，壮烈牺牲。
　　小马国最后的领土也被敌人所践踏……
　　作为马国最后的领导者——暮光闪闪借着友谊学院的影响力，组建了一只由各个种族组成的混合军队，又成功说服鹦鹉海盗们加入战争以增强马国的空军实力。
　　凭借这支“友谊大军”，暮光辗转于各个战场，消磨敌人的实力。但她知道，这是马国最后的部队，是最后的希望了，绝不可轻举妄动。小马莉亚已经沦陷，能否复国，就全看她了……